Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı(TÜSEB) Acil Araştırma ve Geliştirme Projelerini Destekleme
Programı kapsamında destek almaya hak kazanan proje ve özetleri şöyle:
Gebze Teknik Üniversitesi(GTÜ) Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Yüksek Lisans Öğrencisi
Ayşenur Kocaman’ın yürütücülüğünde, GTÜ Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü öğretim üyesi Prof.
Dr. Işıl Kurnaz’ın danışmanlığında, “ELK1’in ALS Hastalığı ile İlişkili Genlerle Yaptığı Potansiyel
Regülasyon Ağının İncelenmesi” başlıklı projenin özeti: Amyotrofik lateral skleroz (ALS), istemli kas
hareketlerini kontrol eden hem üst hem de alt motor nöronları etkileyen ilerleyici bir nörodejeneratif
hastalıktır. Nöronal işlev bozukluğu ve sonucunda hücre ölümü ile karakterize edilen birçok
nörodejeneratif hastalığın ortak özelliği gibi ALS hastalığında da sinir sistemi boyunca hücrelerde
protein agregatları birikmektedir. Nöronlar üzerinde yapılan çalışmalarda ETS transkripsiyon faktörü
ailesinden biri olan ELK1’in nöronal büyümede ve nöronal sağkalımda rol aldığı ve de nöroprotektif
etkisi olduğu görülmüştür. Bu projede ELK1’in regüle ettiği ALS ile ilişkili genlerin belirlenmesi ve
validasyonunun yapılması planlanmaktadır. Yapılması planlanan deneyler sonucunda elde edilecek
sonuçların, ELK1’in ALS hastalığı ile ilişkili genlerle olan potansiyel regülasyonuna ve ileriki
dönemlerde geliştirilebilecek olan ALS hastalığına yönelik potansiyel terapötik ve/veya nöroprotektif
çalışmalara da yol açması beklenmektedir.GTÜ Biyomühendislik Bölümü Araştırma Görevlisi Ecehan ABDİK'in yürütücülüğünde, GTÜ
Biyomühendislik Bölümü Öğretim Üyesi Prof. Dr. Tunahan Çakır'ın danışmanlığında, "Genom Ölçekli
Metabolik Modelleri Transkriptom Verileri ile Birleştiren Yenilikçi Bir Algoritma ile Alzheimer Hastalığı
Alt Tipleri için Metabolit Biyobelirteçlerin Tahmini" başlıklı projenin özeti: Alzheimer hastalığının
popülasyon içerisinde heterojen özelliklere sahip olması nedeniyle hastalık alt tiplerine özel
biyobelirteçlerin belirlenmesi, erken teşhis ve kişiye özel tedavilerin geliştirilmesinde ilk adım olarak
büyük öneme sahiptir. Transkriptom verisi ve genom ölçekli metabolik modellerin entegre edilerek
kullanımı, hücre dışına salgılanan metabolitlerin salgılanma eğilimlerinin/miktarlarının transkriptom
verisindeki değişikliklere bağlı olarak hesaplanması ve biyobelirteç olma olasılığı yüksek
metabolitlerin belirlenmesi için büyük potansiyele sahip bir yaklaşımdır. Bu projede, yürütücünün
geliştirdiği ve genom ölçekli metabolik modelleri transkriptom verisi ile entegre ederek kullanan
biyobelirteç tahmin algoritması Açık-Kapalı Reaksiyonlarla Transkriptom Tabanlı Metabolit
Biyobelirteçleri (TAMBOOR), yüzlerce hastadan oluşan iki farklı Alzheimer hastalığı kohortuna ait
transkriptom verisine uygulanacak ve hastalık alt tipleri için güvenilir biyoberteçler önerilecektir.
Programı kapsamında destek almaya hak kazanan proje ve özetleri şöyle:
Gebze Teknik Üniversitesi(GTÜ) Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Yüksek Lisans Öğrencisi
Ayşenur Kocaman’ın yürütücülüğünde, GTÜ Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü öğretim üyesi Prof.
Dr. Işıl Kurnaz’ın danışmanlığında, “ELK1’in ALS Hastalığı ile İlişkili Genlerle Yaptığı Potansiyel
Regülasyon Ağının İncelenmesi” başlıklı projenin özeti: Amyotrofik lateral skleroz (ALS), istemli kas
hareketlerini kontrol eden hem üst hem de alt motor nöronları etkileyen ilerleyici bir nörodejeneratif
hastalıktır. Nöronal işlev bozukluğu ve sonucunda hücre ölümü ile karakterize edilen birçok
nörodejeneratif hastalığın ortak özelliği gibi ALS hastalığında da sinir sistemi boyunca hücrelerde
protein agregatları birikmektedir. Nöronlar üzerinde yapılan çalışmalarda ETS transkripsiyon faktörü
ailesinden biri olan ELK1’in nöronal büyümede ve nöronal sağkalımda rol aldığı ve de nöroprotektif
etkisi olduğu görülmüştür. Bu projede ELK1’in regüle ettiği ALS ile ilişkili genlerin belirlenmesi ve
validasyonunun yapılması planlanmaktadır. Yapılması planlanan deneyler sonucunda elde edilecek
sonuçların, ELK1’in ALS hastalığı ile ilişkili genlerle olan potansiyel regülasyonuna ve ileriki
dönemlerde geliştirilebilecek olan ALS hastalığına yönelik potansiyel terapötik ve/veya nöroprotektif
çalışmalara da yol açması beklenmektedir.GTÜ Biyomühendislik Bölümü Araştırma Görevlisi Ecehan ABDİK'in yürütücülüğünde, GTÜ
Biyomühendislik Bölümü Öğretim Üyesi Prof. Dr. Tunahan Çakır'ın danışmanlığında, "Genom Ölçekli
Metabolik Modelleri Transkriptom Verileri ile Birleştiren Yenilikçi Bir Algoritma ile Alzheimer Hastalığı
Alt Tipleri için Metabolit Biyobelirteçlerin Tahmini" başlıklı projenin özeti: Alzheimer hastalığının
popülasyon içerisinde heterojen özelliklere sahip olması nedeniyle hastalık alt tiplerine özel
biyobelirteçlerin belirlenmesi, erken teşhis ve kişiye özel tedavilerin geliştirilmesinde ilk adım olarak
büyük öneme sahiptir. Transkriptom verisi ve genom ölçekli metabolik modellerin entegre edilerek
kullanımı, hücre dışına salgılanan metabolitlerin salgılanma eğilimlerinin/miktarlarının transkriptom
verisindeki değişikliklere bağlı olarak hesaplanması ve biyobelirteç olma olasılığı yüksek
metabolitlerin belirlenmesi için büyük potansiyele sahip bir yaklaşımdır. Bu projede, yürütücünün
geliştirdiği ve genom ölçekli metabolik modelleri transkriptom verisi ile entegre ederek kullanan
biyobelirteç tahmin algoritması Açık-Kapalı Reaksiyonlarla Transkriptom Tabanlı Metabolit
Biyobelirteçleri (TAMBOOR), yüzlerce hastadan oluşan iki farklı Alzheimer hastalığı kohortuna ait
transkriptom verisine uygulanacak ve hastalık alt tipleri için güvenilir biyoberteçler önerilecektir.
